Thèse de doctorat Maëlann ROGER (2023-2026)

Ecole Doctorale : Végétal, animal, aliment, mer, environnement (VAAME)

Formation d’origine : Master Microbiologie Fondamentale et Appliquée, Université de Rennes, 2021-2023

Responsable(s) scientifique(s) : Anthony Bertucci (Ifremer, RBE/CCEM) et Farida Akcha (Ifremer, RBE/CCEM)

Financement : Ifremer / Chaire Bleue Contaminants Mer et Santé

Titre de la thèse : Impact des contaminations environnementales sur le microbiome de l’huitre creuse

Contexte

Tout organisme multicellulaire peut être considéré comme un métaorganisme composé d’un hôte macroscopique et de son microbiote, c’est-à-dire une communauté de bactéries symbiotiques, d'archées, de champignons et de nombreuses autres espèces microbiennes eucaryotes. La plasticité du microbiote peut contribuer aux capacités d'acclimatation de l'hôte, voire à l'adaptation de la population aux changements environnementaux. A contrario, les perturbations des interactions hôte-microbiote (dysbiose) peuvent entraîner l'apparition de diverses maladies. Or, de nombreux microbiotes sont souvent situés à l'interface entre milieu extérieur et tissus de l'hôte (intestin, branchies ou mucus) ce qui les rend particulièrement exposés aux polluants et aux organismes pathogènes. Il apparait alors essentiel d'identifier les facteurs qui peuvent maintenir ou altérer leur intégrité.

 

Objectifs scientifiques

Le projet SymbioTox s’inscrit dans le cadre de la chaire bleue en « Contaminants, Mer et Santé » financée par le plan d’investissement scientifique exceptionnel de l’Ifremer. Il a pour objectif d’étudier l’impact des stress environnementaux et des contaminations sur les communautés microbiennes (microbiote) associées aux bivalves et aux microalgues marines nuisibles, ainsi que les conséquences que ces changements peuvent avoir sur la santé humaine et celle des écosystèmes. Il se caractérise par une forte transdisciplinarité grâce à l’expertise de différentes unités du centre Atlantique en contaminations chimiques (CCEM), microbiologie et santé (MASAE), physiologie des mollusques (EMMA, ASIM) et des microalgues toxiques (PHYTOX).

Ce projet de thèse a pour objectif (i) de caractériser la structure et le rôle des communautés microbiennes procaryotes et eucaryotes associées à l'huître creuse Crassostrea gigas, et leurs altérations en réponse aux contaminations anthropiques le long du littoral français ; (ii) d’étudier le rôle du microbiome dans la résistance de C. gigas aux pathogènes et (iii) mettre en évidence les liens possibles entre microbiome et métabolisation de certains types de polluants.